初歩的で恥ずかしいオチですが、また同じことをやりそうなので簡単なメモを残しておくことにします。
GUI画面を起ち上げ、ターミナル（sakura）でホームディレクトリのファイルを一覧表示したところ、日本語のファイル名だけが文字化けしていました。一方、Vimを開くと日本語は普通に表示されています。
この状況から見て、日本語のフォントファイルが壊れているわけではなさそうです。
そこで、ロケールを調べてみました。
locale
を実行したところ、以下のように表示されました。
LANG=C LANGUAGE= LC_CTYPE="C" LC_NUMERIC="C" LC_TIME="C" LC_COLLATE="C" LC_MONETARY="C" LC_MESSAGES="C" LC_PAPER="C" LC_NAME="C" LC_ADDRESS="C" LC_TELEPHONE="C" LC_MEASUREMENT="C" LC_IDENTIFICATION="C" LC_ALL=
これを見て、少し前にコンソールで「LANG=C」を実行して作業していたことを思い出しました。犯人は自分ですね（大抵そうです）。
ロケールを日本語にして解決です。
LANG=ja_JP.utf8
